Клинику БК определяет локализация процесса, его протяженность, стадия заболевания и осложнения. Выявлена определенная связь развития первых клинических признаков заболевания или его обострений с воздействием психотравмирующих факторов, обильным приемом пищи, особенно богатой растительной клетчаткой. Возможно постепенное развитие БК: периодическая боль в животе, усиление перистальтики и вздутие живота, отхождение небольшого количества газов, преходящую, легкую диарею (до 2 – 4 раз в сутки). Затем присоединяется болевой синдром, реже заболевание начинается остро, симулируя клинику острого живота.
Ведущим клиническим симптомом при БК является схваткообразная боль в животе, которая может быть как разлитой, так и локальной (определяется локализацией патологических изменений). При поражении пищевода формируется эзофагит с дисфагией и одинофагией, которые редуцируют после назначения специфических препаратов, антацидов. При вовлечении в патологический процесс желудка (преимущественно антральный отдел) больные отмечают схваткообразные боли или чувство тяжести в эпигастрии чаще после еды, хотя может не выявляться четкой периодичности ритма болевого синдрома. Характерна анорексия, снижение массы тела, вплоть до кахексии, повышение температуры тела до 38 – 38,5 °С (только в период обострения), анемия. Боль нередко сопровождается тошнотой, мучительной рвотой (синдром гастростаза). В рвотных массах может определяться примесь крови. По мере прогрессирования процесса развивается фиброз стенки желудка, приводящий к стенозу выходного отдела и утяжелению гастростаза. Поражение двенадцатиперстной кишки дает клинику дуоденита в сочетании с поносами, рвотой и симптомами высокой кишечной непроходимости. Диагноз устанавливается только при одновременных, типичных изменениях в тощей или подвздошной кишке. Поражение тонкой кишки чаще локализуется в конечном отделе подвздошной кишки и дает классическую картину заболевания. Вовлечение в процесс слепой кишки симулирует клинику острого аппендицита. Поражение толстой и прямой кишки характеризуется болью внизу живота, усиливающейся перед дефекацией и стихающей после опорожнения кишки, а также диареей, значительно реже, кишечным кровотечением. Стул до 5 – 20 раз в сутки, содержит гноевидную слизь, кровь (редко). Запоры или нормальный стул встречаются реже. Возникновение боли обусловлено воспалением стенки кишки и ее растяжением или вовлечением в процесс брюшины, образованием абсцесса.
Диарея обычно является ранним симптомом и характеризует наличие у пациента синдрома малдигестии и малабсорбции. Еще до появления болей пациенты отмечают периодическое учащение стула до 2 – 4 раз в сутки. По мере прогрессирования БК число актов дефекации может превышать 10 – 15 раз за сутки. Перед опорожнением может наблюдаться усиление боли в животе. Стул кашицеобразный, зловонный, серо-глинистого цвета, содержит слизь, гной, реже кровь. Из-за большого содержания жира, кал остается на поверхности воды. Хотя melena наблюдается редко, реакция на скрытую кровь у большинства больных положительна. У некоторых больных с БК стул может быть оформленным, и даже могут иметь место запоры за счет задержки кала в толстой кишке и усиленного всасывания в ней воды.